审计署20日发布的2010年第六号审计公告显示，尽管被审计的11个省区地方各级政府在土地出让收支管理和土地开发整理工作取得较好成效，但是部分市县土地专项资金管理不规范，仍然存在违规征地、以租代征土地、违规协议出让工业和经营性用地、土地开发整理项目实施效果不佳等违规问题。
审计发现，11个市以“招商引资”“旧城改造”和“国有企业改制”等方式，变相减免土地出让收入19.61亿元；有3个市以低于基准地价70%的价格等方式，出让土地177宗0.8万亩；有3个市的规划等部门批准提高0.18万亩土地的容积率，应征未征土地出让收入10.57亿元。
12个市欠征土地出让收入323.26亿元。其中7个市的国土部门在25家用地单位欠缴土地出让收入25.92亿元的情况下，违规发放国有土地使用证。
审计还发现，11个市改变土地出让收入用途56.91亿元。其中：6个市支出39.36亿元，用于高校新校区、会展中心、剧院、软件园等公共工程建设；4个市支出9.68亿元，用于增加政府投资企业注册资本；6个市支出3.26亿元，用于补贴公交公司购车、还贷、设立农业科研发展专项资金等；7个市支出2.1亿元，用于弥补国土、城建等部门工作经费不足；4个市违规支出2.38亿元，用于建设、购置办公楼、商务楼、职工住宅等。
审计发现，11个市的674.81亿元土地出让收入管理不规范，未按规定纳入基金预算管理，占征收总额的20.1%。其中：缴入财政过渡户515.87亿元，由开发区管委会等非财政部门收取55.73亿元；用地单位直接支付拆迁安置补偿和企业改制安置支出103.21亿元。
审计发现，有3个省级9个市级11个县级国土、财政部门改变土地开发整理相关资金用途20.94亿元。其中：用于城市基础设施建设9.46亿元；行政事业单位基本建设及经费支出4.01亿元；对外出借和投资1.21亿元；弥补地方财政预算缺口4148万元；征地拆迁补偿和土地储备等5.84亿元。
审计还发现，少数地方新增耕地面积不实或多占少补耕地，具体表现，119个土地开发整理项目通过编造虚假竣工验收资料、人为改变地类和数据等手段，虚报新增耕地1.35万亩；13个土地开发整理项目在开发整理尚未达标的情况下，上报新增耕地2.93万亩；9个建设用地项目多占少补耕地4294.45亩。
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